Институт за биологија
- Лабораторија за физиологија и молекуларна биологија на растенијата;
- Лабораторија за растителни in vitro култури;
- Лабораторија за биохемија на растенијата;
- Лабораторија за екологија на растенијата;
- Лабораторија за хидробиологија, систематика и биотехнологија на алгите;
- Лабораторија за систематика и филогенија на вишите растенија;
- Лабораторија за микологија;
- Лабораторија за анимална екологија;
- Лабораторија за систематика и филогенија на без’рбетници;
- Лабораторија за зоологија на ’рбетните животни;
- Лабораторија за општа физиологија и имунологија;
- Лабораторија за анимална физиологија;
- Лабораторија за експериментална биохемија;
- Лабораторија за молекуларна биологијa;
- Лабораторија за генетика;
- Лабораторија за микробиологија и микробна биотехнологија.
Институт за географија
- Геолошка лабораторија;
- Геоморфолошка лабораторија;
- Хидроклиматолошка лабораторија;
- Социо-економска лабораторија;
- Картографска лабораторија;
- Компјутерска лабораторија.
Институт за етнологија и антропологија
- Лабораторија за етнографија и теренски истражувања;
- Лабораторија за етнолошка архива;
- Лабораторија за визуелна антропологија и музеологија.
Институт за физика
- Компјутерска лабораторија;
- Лабораторија за електрично карактеризирање на материјалите;
- Лабораторија за вакуумско напарување;
- Лабораторија за CSI и криминалистика;
- Лабораторија за медицинска физика - лабораторија за дозиметрија во радиологијата и процена на квалитетот на сликите;
- Лабораторија за електрооптика на дисперзни системи;
- Лабораторија за биофизика, меки материјали и 3Д печатење;
- Лабораторија за методика на наставата;
- Лабораторија за механика и молекуларна физика со термодинамика;
- Лабораторија за електромагнетизам;
- Лабораторија за оптика;
- Лабораторија за атомска физика;
- Лабораторија за нуклеарна физика;
- Лабораторија за спектроскопија;
- Лабораторија за електроника;
- Астрофизичка лабораторија;
- Лабораторија за мерења во физиката.
Институт за хемија
- Лабораторија за анализа на горива;
- Лабораторија за структурна карактеризација на материјали;
- Лабораторија за наноматеријали;
- Лабораторија за теоретска хемија;
- Лабораторија за атомска спектроскопија;
- Лабораторија за електрохемија;
- Лабораторија за хроматографски анализи (во постапка за акредитација);
- Лабораторија за раманска спектроскопија;
- Лабораторија за инфрацрвена спектроскопија;
- Лабораторија за хемиска модификација на површини.
Сеизмолошка опсерваторија
- Лабораторија за инструментални сеизмолошки набљудувања;
- Лабораторија за макро-ефекти на земјотресите;
- Лабораторија за инструментално сеизмолошка анализа на земјотресите.